在南非，无国界医生应对流行病、非传染病，并帮助移民获得医疗护理。
2023年10月，我们与东开普省（Eastern Cape）卫生部合作，在阿玛托尔（Amathole）开展一个改善识别与管理非传染病的项目，是无国界医生在南非的第一个非传染病项目。 我们的目标是运用在当地防治艾滋病和结核病二十年的经验，加强乡郊地区的非传染病护理。
团队也支持茨瓦内（Tshwane）没有合法身份证明文件的人和移民，为这些得不到足够服务的社区免费提供疫苗接种。
因组织在夸祖鲁纳塔尔省（KwaZulu Natal）小镇埃绍韦（Eshowe）的艾滋病/结核病治疗项目于2018 年提前达到联合国艾滋病规划署（UNIAIDS）制订的「三个90」的目标，我们其后重整应对方针，改为对抗结核病疫情和减低个案数量。
经过22年的应对和倡议工作，我们于2020年结束了西开普（Western Cape）卡雅利沙（Khayelitsha）的艾滋病/结核病项目。
我们也在2022年南非水灾时展开大型应对工作，同时维持艾滋病/结核病以及移民健康护理的项目。
